In una applicazione ho voluto inserire, nella stessa pagina, dei grafici in flash e dei pop-up ottenuti con lightbox.
Il risultato non è stato esaltante:

Come si può "intuire" il grafico non passa in secondo piano, rendendo l'effetto lightbox decisamente poco gradevole.

Il primo tentativo è stato quello di settare correttamente lo z-index, a livello di css, sia dell'oggetto flash che di lightbox. Questo approccio però non funziona poichè il browser interpreterà sempre l'oggetto embedded come primario e lo mostrerà al di sopra di tutti gli altri elementi.
Un ulteriore approccio sarebbe quello di inserire il flash all'interno di oggetti javascript i quali si occuperanno di ordinare correttamente i livelli. Questo approccio mi è però sembrato troppo complicato.
Infine la soluzione più semplice si è rilevata anche la più efficace: la proprietà wmode.

    < param name="wmode" value="transparent" />
    < param name="bgcolor" value="#ffffff" />
    < embed wmode="transparent"  src="Untitled-1.swf" ...... />

E' bastato inserire il parametro wmode ed ecco l'effetto finale: